Нет. Счетчик Яндекс Метрики может быть установлен на сайт только один, иначе системе не будет ясно, какой счетчик главный. По вашему желанию к метрике можно открыть доступ для просмотра статистики.

Для ваших партнеров есть внутренняя статистика. Они могут отслеживать количество переходов и регистраций по своим ссылкам.

Может быть интересно